A finales de agosto el Adelantado avista las tierras de Florida. Manda desembarcar 20 hombres que pronto contactarán con los nativos timucuas. Celebran allí los expedicionarios la primera misa, toman una vez más posesión de la tierra en nombre del rey, y con orden real de catequizar aquellos indios, establecen la misión Nombre de Dios. Algo mas al norte el día de San Agustín descubren en la embocadura de una ría, una dársena de buen fondeo y fácil  acomodo. Tras el tradicional Tedeum, fundan en su orilla occidental una  ciudad que nombran con el santo del día, entre salvas de fusilería y redoblar de tambores. Ha nacido la ciudad de San Agustín de la Florida con 800 colonos (28 de agosto de 1565) y su guarnición de soldados, regidos por un cabildo y su alcalde electos, según tradición castellana medieval. Tras el sorteo y consiguiente adjudicación de lotes de tierra, acometen la construcción de sus casas e iglesia matriz a base de gamelote y barro. Vendrá luego la fortificación del enclave mediante escarpas, revellín, empalizadas y muros de fajina o tierra apisonada y entramada por haces de ramas: necesario cobijo para sus habitantes cuando soplen vientos de guerra. Los timucuas, de intermitente presencia siempre sabiamente festejada con jocosa abundancia de abalorios y baratijas, informan que el buscado Fort Caroline se encuentra a unas 20 leguas siguiendo la costa al norte, y hacia allí dirigen los españoles sus velas. En la desembocadura  del río San Juan descubren 11 naves francesas de gran porte. Amparados en la oscuridad de la noche atacan el puerto, pero desisten dada su inferioridad de medios. Deciden por ello regresar a San Agustín y sitiar Fort Caroline por tierra, luego de abrir una estratégica trocha entre manglares y everglades de aguas cenagosas. Por ella se filtrarán 500 hombres de guerra, mientras una furiosa tormenta tropical se abate sobre la región y estrella la flota francesa contra los riscos litorales, anulando toda posible réplica sobre los asaltantes. El fuerte es copado bajo la orden de respetar mujeres y menores de 15 años, y una vez rendido, será rebautizado como San Mateo. Y bajo las crueles leyes de aquellas guerras de religión, Menéndez de Avilés solo perdonará a los que se dicen católicos, que quedan diluidos entre los nuevos colonos que allí se asientan. Los recién llegados, custodiados por 250 mílites acuartelados, se posesionan de haberes y tierras libres; el resto serán pasados por las armas, haciendo válidas las palabras de SM Católica de << limpiar de herejes aquellas costas >>. Informado por los indios de la presencia de otros franceses que construyen un fuerte en Cabo Cañaveral, acude por mar desde San Agustín y por tierra desde San Mateo, rastreando la costa hasta dar con el asentamiento hugonote. Lo destruye, no sin antes dejar de nuevo libres y bajo protección a los católicos con sus armas, mientras los herejes que le huyen son emboscados y muertos  por los timucuas en la manigua. Acabada la jornada bélica, regresa hacia el sur la hueste católica, no sin antes incendiar la única nave que los franceses construyen en su varadero, a fin de evitar toda comunicación con Francia.

Decide el Adelantado navegar a La Habana para saber del resto de flota aún no  contactada. La despensa prevista para la empresa había quedado mayormente con las naves ausentes, la incipiente plantación de las pocas especies llegadas para su adaptación al nuevo clima era faena en curso, y la subsistencia de los acampados precisaba de un acuciante suministro de víveres. Debe para ello navegar contra la Corriente del Golfo, el flujo marino impulsor de la Flota de Indias, verdadera catapulta de naves hacia Europa, ahora contraria a su rumbo. Esta dificultad le hará estudiar la posibilidad de establecer otro asentamiento costero al sur de la península, más cercano y directo a Cuba, facilitando el acceso a la isla cuando los contralisios de otoño ventean por proa. Lo acabará hallando al sureste, entre nativos de la etnia tequesta.

En La Habana encuentra con gran alegría parte de la perdida flota cantábrica, que ignorante de su recalada en Puerto Rico, dábale al Adelantado por muerto y desaparecidas las naves que con él habían aportado en San Juan. En enero de 1566 llegarían todavía los últimos barcos cantábricos maltrechos y enfermas sus gentes. Recibe en La Habana noticias del Rey mediante un patache de aviso que fondea en el puerto: los  franceses preparan una gran armada para invadir La Florida, y Felipe II ha ordenado contrarrestar la amenaza con otra flota de 17 barcos y 1500 hombres bajo el mando del General Sancho de Arciniega, que como era fama en las travesías transatlánticas, haríase a la mar en marzo. Con siete embarcaciones rescatadas y sus ya menguadas despensas tras medio año de avituallar a su errabunda prole, parte Menéndez de Cuba con los colonos hacia Florida, no sin antes enviar un patache a Nueva España para adquirir más víveres; nave que arribaría en febrero a San Agustín cargada de maíz, gallinas, miel y alpargatas. Cuando el Adelantado llega a su ciudad, el hambre y las privaciones han generado un estado de tensión entre  colonos y soldados. Sesenta mílites rebeldes deberán abandonar la guarnición para ser dejados de vuelta en Puerto Rico.

Menéndez prosigue sus exploraciones hacia el norte de la Provincia, las actuales Georgia y Carolina del Sur, y funda nuevos asentamientos e iglesias como Gualé (St. Catherine Islands) y Santa Elena (hoy Parris Island) entre ellas. Establece más de una docena de nuevos fuertes, tratando siempre de negociar con los indígenas de la región, a veces acérrimos enemigos entre sí, pero cuyos caciques acuden en ocasiones al Adelantado para arbitrar las disputas entre sus tribus. Solo Saturiba, cacique amigo de los franceses y renuente enemigo de españoles, hostiga pertinazmente los asentamientos de San Agustín y San Mateo.

Durante este su primer aliento, San Agustín era un asentamiento deficitario en víveres, con moradores que debían alejarse a veces de la empalizada en busca de sustento, para caer como fácil presa de indios. Además, los frecuentes conatos de Saturiba, habían desvelado la ciudad como sitio inseguro, de difícil defensa. Para corregirlo, el Adelantado y sus capitanes trazan otros fosos y empalizadas para ampliar la base cuadrangular del fuerte, capaz de batir ahora la entrada del río con 24 cañones de bronce, orientadas sus cureñas hacia bocana y esteros, con un polvorín a resguardo de flechas incendiarias.

Terminada esta reforma, vuelve Menéndez a La Habana por alimentos, pero a duras penas logra de su Gobernador magro apoyo. Vende pertenencias y consigue arranchar su galeón para retornarlo repleto de vituallas. De regreso a San Agustín va a encontrar fondeada a lo largo de su ría y dársena la prometida flota de Arciniega, cargada de provisiones, víveres, pertrechos, clavazones y… 14 mozas casaderas que confiará a los clérigos, en evitación de soldadescos desmanes, que acabarán casando con colonos. Los recién llegados desbordan el recinto, pero con la ayuda de sus brazos se acomete el acomodo ciudadano, conservando ellos su pernocta embarcada durante los diez días que duran los trabajos. A Santa Elena se desplazan 1500 hombres y 2 barcos de enlace, a San Mateo otros 300 hombres nave incluida, además de otros 500 más que Arciniega reparte entre las guarniciones de Cuba, Puerto Rico y Santo Domingo. Cumple así el Adelantado la orden real de reforzar  las guarniciones de las islas caribeñas a la espera del ataque francés que sobre ellas se cierne.

Cuando los franceses atacan, Pedro Menéndez de Avilés se encontraba en España presentando a Felipe II los trabajos de cartografía levantados en costas floridanas e informando de los resultados de la campaña. Se queja al Rey de la ambigüedad y escasa colaboración del Gobernador  de Cuba, y propone al monarca la alternativa de fusionar la Gran Antilla con Florida (hasta la Tierra de los Bacalaos) en una nueva y única gobernación, decisión que el rey someterá al Consejo. Pero el Consejo Real desconfía de la propuesta del Adelantado, que con un apasionado descargo defiende su honor en la diatriba: <<yo, antes de ser Capitán General…era una persona feliz y sin necesidades, pero me llamó SM y me entregó el mando de las escuadras del Cantábrico, después me dio el mando de la expedición a La Florida, el cual acepté sin preguntar; en la preparación de la primera ida, me gasté un millón de ducados que aún debo…nunca cobré un maravedí si no estaba al servicio del Rey…nunca he gastado en nada que no fuera preciso, y hoy me encuentro, no solo pobre sin un maravedí, sino que tengo mi deuda sin pagar…¡Esa es toda mi doble intención! >>. El Rey acepta sus razones, le otorga un mes de descanso en familia, y ordena al Consejo arbitre la forma de compensarle las deudas contraídas durante aquellas jornadas del Nuevo Mundo.

La acometida hugonote se deja sentir sobre La Florida. Pero nada positivo iba a recuperar, a pesar de su potente armada de 27 barcos y 6000 hombres de guerra Se dedicará a saquear, destruir los establecimientos y degollar guarniciones ya capituladas: toda una sangrienta “vendetta” sin resultados prácticos, pero con un profundo tributo de sangre sobre soldados y colonos españoles. Dominique de Gourges con sus poderosas hueste y flota enarbolando falaces enseñas castellanas, recuperaría momentáneamente San Mateo, luego de masacrar lugar y  moradores tras prolongado cañoneo y posterior incendio. Lograría también que su aliado cacique Saturiba, se alineara en pie de guerra con otros pariguales del entorno, para recrudecer futuras agresiones indígenas contra los españoles. Cumplido el vendaval retaliativo, los franceses van a regresar a Europa, olvidando supuestas aspiraciones sobre sus, siempre costosos de conservar, antiguos poblajes, pero no sin haber soliviantado profundamente al mundo indígena. Ante ello, el Adelantado va a solicitarle al Rey permiso para aplicar al indio pugnaz, la cruda Ley de Guerra que se aplica al enemigo declarado. En adelante, todo indio en armas tomado prisionero, sería reducido a esclavitud, como medida supletoria para afianzar población y progreso en aquellas tierras.

Pedro Menéndez de Avilés regresa de Europa al mando de nueva escuadra con refuerzo de soldados y misioneros y su nombramiento real como Gobernador de Cuba y territorios anexos, entre los que se cuentan Jamaica y la reciente Provincia de Florida. Al sur de ella, en Bahía Vizcaína junto al río Miami, establece la misión jesuita de Tequesta, un asentamiento cuidadosamente elegido para conexión directa con la Capitanía General de La Habana; pero es devastada por los propios indios que martirizan a sus frailes (1568). Tras nuevos asaltos y sacrificio de jesuitas, la Compañía de Jesús abandona Florida en favor de la Orden Franciscana. Los nuevos frailes se establecen, no sin iniciales dudas, en diferentes misiones con sede central en San Agustín, pero bajo jurisdicción eclesiástica de Cuba. En aquella sede habían llegado a concentrarse 50 frailes misioneros, el jesuita Francisco de Borja entre ellos, en espera de su destino misional. Son tiempos turbulentos que mantienen indecisos a los hombres de Cristo, alejados de sus sedes. Más tarde regresarán a sus asignadas misiones para consolidar su prédica, protegidos ahora por soldados de la Real Fuerza.